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2024/5/10 10:46:29
MS：陈宏+孙嘉+谢黎炜-肠道菌群是低碳饮食减重的决定因素
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2024/4/16 7:11:28
来来来，一起来pick宏基因组binning分析工具
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研究背景
微生物是生物和环境的营养循环和代谢过程所必需的，并且与生理学至关重要。虽然微生物可以使用传统培养的方法来确定…
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2024/4/17 11:41:50
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今天是第1227期日报。 Nature Biotechnology综述带你开展宏基因组实验和分析，在众多分析软件中选择不再困难。还有三代测序和宏表观组等前沿技术。 基于鸟枪法宏基因组测序经历了十余年的快速发展，在分析的每个环节上出现了众多软件，让读者选…
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2024/4/23 1:41:15
MS | 江南大学徐岩等发现中国白酒产区地域微生态酿造优势的新证据
地理相关的真菌-细菌互作贡献了高复杂度自发发酵过程中地理依赖性风味的形成 Geographically Associated Fungus-Bacterium Interactions Contribute to the Formation of Geography-Dependent Flavor during High-Complexity Spontaneous Fermentation Research Article&#…
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2024/4/23 20:29:11
SemiBin宏基因组半监督分箱工具中GTDB数据的下载与配置
最近想学一学宏基因组的分箱工具使用（讲真的，感觉bin还是挺复杂的，不是我这种小白该去涉猎的），本来想看看老牌工具metaWRAP的使用细节，奈何微信推送了一条新的分箱工具——SemiBin，还是基于当下…
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2024/4/16 7:11:01
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2024/4/16 7:10:55
宏基因组数据二+三代混合组装并计算Read对Contig的深度
二三代混合组装：OPERA-MS
对于我这一批样品，分别使用了Illumina NovaSeq PE250、插入文库约400bp的双端测序，另外对于每一组平行样进行了Oxford Nanopore的单分子测序。
metaSPAdes组装短读长
由于混合组装软件OPERA-MS的运行中首先要做的…
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2024/4/15 9:21:16
